上海市杨浦区税务局内设8个科室：
    ●办公室（政策法规科）
　　负责制定年度工作计划及长远发展规划；处理局机关日常政务，起草和审核有关文件和报告；负责综合性会议组织、秘书事务、文电处理、文书档案、文印、信访、保密、调研、政务信息、税收宣传及督查督办工作；制定机关办公规章制度；组织实施综合行政管理信息系统；办理人大代表建议、政协委员提案；负责本单位行政复议、听证、行政诉讼和赔偿等法律事务工作；协助局领导对有关工作进行综合协调。
　　
　　●人事教育科
　　负责研究和执行人事管理制度；负责干部队伍建设；负责机构、编制、录用、考核、任免、调配、交流、奖惩、辞职、辞退、劳动工资、人事档案管理、专业技术职务等人事管理工作；负责科级后备人选的培养选拔工作；负责本局思想政治工作、精神文明建设和基层建设；负责教育培训管理工作。
　　
　　●监察科
　　负责对本单位工作人员贯彻执行党和国家的路线方针及有关法律、法规、政策情况进行监督检查；负责本单位行政监察和廉政建设工作；负责执法监察和纠风工作；负责管理信访举报、违法违纪案件和重大案件查处工作。
　　
　　●财务科
　　负责贯彻执行有关法律法规和财务制度，制定本单位财务管理的规章制度；集中统一管理本单位各类银行账户；编制本单位经费预决算和财务报表；管理本单位日常经费和业务性资金；实施内部稽核；进行本单位固定资产、车辆、制服和政府采购、基本建设项目管理。
　　
　　●计划统计科
　　负责税收计划管理、税收会计、统计和信息数据的分析汇总；承担纳税人申报纳税信息的集中处理和会统核算工作，组织并检查税款入、退库；负责税源资料的调查和测算，进行税收分析，监控重点税源；负责对税收票证的管理。
　　
　　●稽征管理科
　　贯彻执行国家的税收征管法律法规；组织税务登记和纳税申报；组织税收征管工作；负责征管情况报表的汇总、分析和上报；负责发票管理工作；负责破产、撤销企业核销死欠税款的确认申办。组织税收稽查工作；负责税收稽查情况的汇总、分析和上报。
　　
　　●税政管理科（进出口税收管理科）
　　负责流转税、所得税等税种税政业务并对其执行情况进行监督检查；拟定有关流转税、所得税等税种征收管理的具体办法；负责国际税收协定执行、反避税实施、涉外税务审计、情报交换、我国及外国居民跨国收益税收监管等国际税务事项管理；负责现行涉外企业所得税税收政策管理并对执行情况和日常管理情况进行监督检查。
　　负责国家进出口税收政策及管理办法的贯彻落实、日常监督检查工作；负责出口货物退免税的审核审批、年终清算；负责出口货物退免税信息化管理系统的推广应用和维护工作；配合有关部门组织实施反避税检查。
　　
　　●信息技术科
　　负责本单位信息化建设、计算机应用的计划、管理和协调工作；负责对计算机推广应用项目推广和组织实施工作；负责监督检查计算机系统运行管理制度的执行情况；负责本单位计算机设备配备和计算机应用人员的技术培训和操作培训；负责计算机信息系统的维护管理，确保系统安全运行。
　　
　　另设机关党委（总支）办公室，负责党务、纪律检查、工会、共青团、妇联工作，以及本单位精神文明建设和思想政治工作。

    杨浦区税务局还设有以下税务所：
    ●第一税务所：
　　主要负责区域内税收征收、税收申报资料的收集、增值税一般纳税人抄税，增值税专用发票认证等工作。
　　●第二税务所：
　　主要负责区域内市属集体企业、中央在沪企业和其他企业的税收征管工作。
　　●第三税务所：
　　主要负责区域内私营企业、有证个体工商户、租柜经营户、市场（包括生产要素市场）及自然人的税收征管工作。
　　●第四税务所：
　　主要负责区域内外资独资企业和其他企业的税收征管工作。
　　●第五税务所：
　　主要负责区域内街道企业和其他企业的税收征管工作。
　　●第六税务所：
　　主要负责区域内大专院校校办企业、科研单位和其他企业的税收征管工作。
　　●第七税务所：
　　主要负责对涉税业务资料的采集、整理、移交、归档、移送、保管、利用、鉴定、使用、销毁及会计报表的数据录入,商贸型增值税一般纳税人申请时的实地核查等工作。
　　●第八税务所：
　　主要负责区域内区属工业企业、中小学校办企业、区属事业单位及所属企业和其他企业的税收征管工作。
　　●第九税务所：
　　主要负责区域内区属商业企业和其他企业的税收征管工作。
　　●第十税务所：
　　主要负责区域内的税收检查和涉税举报案件的查处工作。
　　●第十一税务所：
　　主要负责受理、审核、开具“二手房”交易中涉及的营业税、个人所得税、土地增值税、印花税等各类税费的缴款凭证或完税凭证，以及个人所得税纳税保证金退保等工作。
　　●第十二税务所：
　　主要负责区域内开业、变更、注销税务登记等涉税事项的受理；负责发票的发售工作；负责对享受购房贷款贴息政策的中低收入家庭提供的资料进行初审等工作。
　　●第十三税务所：
　　主要负责企业出口退税管理和其他企业的税收征管工作
　　●第十四税务所：
　　主要负责区域内民政福利企业、运输企业（包括个体货运）、废旧物资、农副产品收购和其他企业的税收征管工作。
　　●第十五税务所：
　　主要负责区域内房地产企业、建筑总承包公司、各街道总承包公司、外省市建筑安装企业工程项目、机关事业单位的个人所得税，非户管注册企业的地方税和其他企业的税收征管工作。