根据《国家税务总局关于加强税务机关代开增值税专用发票管理问题的通知》（国税函[2004]1404号）规定：“从2005年1月1日起，凡税务机关代开增值税专用发票必须通过防伪税控系统开具，通过防伪税控报税子系统采集代开增值税专用发票开具信息，不再填报《代开发票开具清单》；增值税一般纳税人取得的税务机关通过防伪税控系统代开的增值税专用发票，通过防伪税控认证子系统采集抵扣联信息，不再填报《代开发票抵扣清单》；税务机关要加强对认证通过的代开增值税专用发票和纳税人申报表进行比对；要对小规模纳税人申报的应纳税销售额进行审核…”。由于改变税务机关代开增值税专用发票方式后，一是涉及一窗式比对的数据来源发生了变化；二是2005年3月份纳税申报期结束以前，纳税人尚可申报抵扣非防伪税控系统在2005年1月1日前代开的增值税专用发票，因此在2005年1至3月份申报所属期将会出现防伪增值税专用发票抵扣联和非防伪增值税专用发票抵扣联同时申报抵扣的情况；三是国税总局提出了要对小规模纳税人申报的应纳税销售额进行审核的要求。为贯彻落实国家税务总局文件精神，确保本市增值税纳税申报一窗式比对工作的正常开展，市局对纳税人使用防伪税控系统代开增值税专用发票在数据采集、申报表填报和一窗式比对有关问题通知如下：

一、      数据采集

纳税人收到使用防伪税控系统代开的增值税专用发票，通过防伪税控认证子系统采集抵扣联信息，不再填报《代开发票抵扣清单》；

纳税人在2005年3月31日前收到非防伪税控系统代开的增值税专用发票，仍按原规定填报《代开发票抵扣清单》。从2005年4月份纳税申报所属期（相应申报期为5月份）起，纳税人不再填报《代开发票抵扣清单》。

二、申报表填报

纳税人收到使用防伪税控系统代开的增值税专用发票，且本期已认证相符的，应按适用税率填报在增值税纳税申报表附表第6行次本期已认证相符防伪税控系统开具的增值税专用发票 “6%扣除率”和“其他扣除率”中；

2005年1至3月份申报所属期，纳税人收到非防伪税控系统代开的增值税专用发票，仍按原规定填报。从2005年4月份申报所属期起，增值税纳税申报表附表第7行次“第15栏”和“第18栏”不需填列。

三、一窗式比对

从2005年1月份申报所属期起，纳税人收到本期已认证相符的使用防伪税控系统代开的增值税专用发票，并入纳税人收到的本期已认证相符的由销货方纳税人自行使用防伪税控系统开票子系统开具的增值税专用发票一起，进行一窗式比对。

从2005年4月份申报所属期（相应申报期为5月份）起，CTAIS系统不再读取纳税人填报的《代开发票抵扣清单》数据。只读取防伪税控网络版认证相符数据，并与相应栏目申报数据进行比对。