按照《增值税暂行条例》的有关规定，购进免税农业产品准予抵扣的进项税额按照买价和规定的扣除率（13%）计算；对于从一般纳税人企业购入的农产品，依据开具的增值税专用发票上注明的税款抵扣进项税额。

　　允许抵扣进项税的凭证有以下三种：

　　一是增值税专用发票。对于从一般纳税人企业购入的农产品，无论其是否属于免税农产品，都可依据开具的增值税专用发票上注明的税款抵扣进项税额。

　　二是经税务机关批准的收购专用发票。根据沪国税征（1997）39号、沪国税征便（1998）1号文件的相关规定，一般纳税人从个人手中购进免税农产品时，对方无法提供增值税专用发票，由付款方向收款方开具收购专用发票。开具收购专用发票必须凭：

　　（1）凡本市农副产品直接生产者凭村民委员会证明；

　　（2）凡外省市的凭县级以上税务部门出具的自产自销证明；

　　（3）其他经主管税务机关认可的证明。

　　三是普通发票或由税务机关代开的增值税专用发票。根据国税发[1994]122号文规定，收购小规模农业生产单位的免税农产品，可以按销售方开具普通发票上注明的价款计算进项税额，收购小规模农业生产单位的其他农产品，销售方可到税务机关代开增值税专用发票。