一、从2003年8月1日起，我区税务局在各征管所办税服务大厅设立增值税一般纳税人纳税申报的“一窗式”征收管理窗口，对增值税一般纳税人的纳税申报实施“一窗式”管理。
　　二、在纳税申报征收期内，增值税一般纳税人可携带金税IC卡和纳税申报资料在纳税申报窗口同时办理“抄报税”和“纳税申报”业务，解决原来纳税人多次往返和重复排队进行“抄报税”和“纳税申报”二项业务的分离。
　　三、增值税一般纳税人申报纳税时应当按规定同时报送增值税申报表附表。
　　四、增值税专用发票抵扣联认证期为每月的1日至月底，通过认证的抵扣联在次月的申报期内申报抵扣，否则不得申报抵扣。
　　认证系统认证相符发票的税额≥申报的防伪税控系统开具进项发票总税额。
　　五、增值税一般纳税人每月1日至月底开具的防伪税控系统增值税专用发票的销售额和销项税额必须在次月的申报期内进行申报。
　　申报的防伪税控开具的销项发票总税额=报税系统正常发票的税额。
　　六、凡不符合上述四、五两项逻辑关系的则为申报异常，税务机关征收管理部门将向纳税人当场发出《纳税申报异常通知书》，纳税人必须在3天内到主管税务管理部门说明情况，主管税务管理部门查明原因后，将视不同情况分别按有关规定予以处理。
　　七、增值税一般纳税人取得的2003年11月1日以后开具的货物运输业发票，应当自发票开具之日起90天内向主管税务机关申报抵扣，超过90天的不予抵扣。
　　八、增值税一般纳税人申报纳税时，应报送《增值税运输发票抵扣清单》的纸质文件和电子信息，凡未报送抵扣清单的，一律不予抵扣。

　　九、从2004年4月1日起，增值税一般纳税人在增值税纳税申报时，必须同时正确填报《海关完税凭证抵扣清单》和《废旧物资抵扣清单》纸质资料以及载有上述资料的电子信息。

　　十、从2004年1月1日起，税务机关将对增值税一般纳税人申请抵扣的货物运输业发票与营业税纳税人的货物运输业发票进行比对。比对出现异常的，要查清情况分别处理。对违反有关规定开具或取得货物运输业发票的纳税人进行处罚。

　　十一、增值税一般纳税人取得的2004年2月1日以后开具的海关完税凭证，应当在开具之日起90天后的第一个纳税申报期结束以前向主管税务机关申报抵扣，逾期不得抵扣进项税额。

　　十二、增值税一般纳税人取得所有需要抵扣增值税进项税额的海关进口增值税专用缴款书（以下简称海关完税凭证），应根据相关海关完税凭证逐票填写《海关完税凭证抵扣清单》，在进行增值税纳税申报时随同纳税申报表一并报送。
　　十三、自2004年3月1日起，本市废旧物资回收经营单位（以下简称废旧物资经营单位）应将销售废旧物资开具的《上海市废旧物资销售统一发票》（以下简称《统一发票》）逐票填写《废旧物资发票开具清单》，在进行增值税纳税申报时随同纳税申报表一并报送。生产企业增值税一般纳税人在购入废旧物资经营单位销售的废旧物资时，由废旧物资经营单位向生产企业开具《统一发票》，并在其下方正中央加盖财务印章和开票人专章，其他发票一律不得加盖。
　　增值税一般纳税人取得的2004年3月1日以后开具的废旧物资发票，应当在开具之日起90天后的第一个纳税申报期结束以前向主管税务机关申报抵扣，逾期不得抵扣进项税额。

　　十四、增值税一般纳税人取得所有需抵扣增值税进项税额的废旧物资发票，应根据相关废旧物资发票逐票填写《废旧物资发票抵扣清单》，在进行增值税纳税申报时随同纳税申报表一并报送。
　　十五、增值税一般纳税人申报纳税时，应报送《海关完税凭证抵扣清单》和《废旧物资抵扣清单》的纸质文件和电子信息，而未报送抵扣清单的，一律不予抵扣。《废旧物资发票开具清单》、《海关完税凭证抵扣清单》和《废旧物资抵扣清单》应按月装订成册随电子信息一起，按申报资料的要求保存和备查。
　　十六、从2004年4月1日起，税务机关将对增值税一般纳税人申请抵扣的海关完税凭证和废旧物资发票进行比对稽核。比对出现异常的，要查清情况分别处理。对违反有关规定的纳税人进行处罚。
　　废旧物资经营企业涉嫌虚开《统一发票》的，一经查实，不得再享受免征增值税优惠政策，税务机关将按照有关法律法规严肃处理。
　　十七、纳税人申报的《海关完税凭证抵扣清单》、《废旧物资抵扣清单》和《废旧物资发票开具清单》及其电子信息，由国家税务总局下发的软件统一打印和生成。
　　十八、纳税人使用的《自开票纳税人货物运输业发票清单》、《增值税运输发票抵扣清单》、《废旧物资发票开具清单》、《海关完税凭证抵扣清单》和《废旧物资抵扣清单》信息采集软件，可以通过以下四种方法免费获取：（1）从国家税务总局网站（http://chinatax.gov.cn）下载；（2）从上海财税网站(http://www.csj.sh.gov.cn)下载；（3）从电子申报网站下载；（4）对上网下载有困难的纳税人，可带软盘到主管税务机关拷贝采集软件。