由于支出功能分类是根据职能而不是根据部门、单位名称设置科目的，所以二者不存在一一对应关系。另外，各级政府组成部门和直属机构很多，各地的机构设置和部门、单位的名称也有很大差别。因此，地方政府所属各部门、各单位的支出，应按职能选择相应的支出功能分类科目。具体方法如下：
　　1、凡单位职能单一、明确的，其支出直接在相关支出功能分类科目中反映。如保密局支出列入204“公共安全”类下09款“国家保密”科目。
　　2、凡部门和单位支出涉及多种支出功能分类的，应按实际支出情况分解到各有关支出功能科目反映。有些涉及多项功能的混合性支出可按一定比例进行分解。无法按比例划分的，按大数原则，归入主要功能分类科目。确实不宜分解的，可归入最主要的支出功能分类科目。如某学校既有普通教育又有成人教育，可根据学生人数，按比例进行适当分解。
　　需要注意的是：单位确定的分解支出的方法，报主管部门同意后，报市财政同意并备案，确定的方法应遵循一贯性原则，不能随意变动，若因特殊情况必须变动，需报主管部门和市财政同意并备案。